Ils l'ont dégagé dès le 1er Xenosaga en fait. Takahashi avait écrit et dirigé l'Episode 1, mais n'a pas participé à l'Episode 2, où il est uniquement crédité comme "Auteur Original". Ils l'ont rappelé à la rescousse pour l'Episode 3 pour sauver les meubles et pouvoir conclure la série prématurément d'une manière à peu près correcte. Ainsi sur l'Ep. 3 il se trouve être Auteur, Superviseur du scénario et la base de données (utile pour répondre à certaines questions laissées en suspens), et coordinateur des musiques (utile pour rattraper la catastrophe de l'Episode 2 à ce niveau là).
Il s'est fait dégager car ce qui n'est pas passé chez Squaresoft est encore moins passé chez le petit studio Monolith financé par Namco : dépassement des temps de production, des budgets, etc. Quand on pense qu'ils avaient annoncé 6 épisodes et un jeu par an... c'était mission impossible dès le départ ! Ils ont pas du anticiper que faire un jeu PS2, avec un doublage, des grosses cut-scenes en 3D, etc., ça serait plus difficile que faire un jeu PS1. D'ailleurs, à la base, le contenu de XS Ep. 1 et Ep. 2 aurait du tenir en un seul jeu et former l'Episode 1 : en effet, dans les premiers trailers de l'Episode 1, on pouvait voir des scènes qui finalement se sont retrouvées dans l'Episode 2 !
Pour ma part, je me demande même si c'est pas tout l'arc scénaristique formé par les 3 épisodes actuels ("l'arc de Shion") qui ne devait pas former qu'un seul épisode/jeu, car si on regroupe tout le contenu scénaristique des 3 XS, on arrive à un jeu aussi dense que Xenogears, qui lui est (pratiquement) un épisode complet... Sachant qu'après cet arc de Shion on aurait surement eu un jeu se déroulant à une autre époque, des centaines d'années après, avec un autre casting, un peu comme ce qui est décrit dans le Perfect Works pour Xenogears.