Pas fait le 3, mais avec le recul, je trouve que le 2 a ce petit répondant que le 1 n'a pas (les compagnons et certaines quêtes annexes), sans parler du fait que comme le dit Luckra, le système du 1 était un peu mal fichu (on peut dire ce qu'on veut, mais je préfère laaargement Alpha Protocol dans ce style d'A-RPG).
Cela dit, le 2 a zappé complètement ce qui faisait le charme du 1 : l'impression de découverte et d' "exploration" (au sens premier, et non le simple vagabondage qu'on targue d'explo dans des jeux openworld) même si cela aurait pu être tellement plus poussé (on est loin d'un Starflight - que je devrais d'ailleurs terminer un de ces 4 - qui est, ô surprise, également dans les cartons d'EA).
Si le 1 je l'ai refait de nombreuses fois (pour finalement pas grand chose de différence à chaque run), je sais pas mais pour le 2, ça ne m'a pas tant intéressé que ça (et pourtant je n'ai pas eu de fin "opti").
Pour moi, le 1 et le 2 ont chacun beaucoup de qualités et de défauts, et sont à peu près au même niveau.
C'est bête, mais s'il y a bien un univers de SF qui aurait mérité un traitement en jeu vidéo à la Mass Effect, c'est bien Farscape (encore plus avec l'idée du Pathfinder d'Andromeda).