Très bon sujet, un topic avait déjà été lancé il y a looooongtemps d'ailleurs ( https://forum.legendra.com/index.php?/topic/1686-meilleur-systeme-de-combat/ )
Personnellement j'ai tendance à séparer gameplay et système de combat, car le gameplay d'un jeu ne se limite pas à ses combats, d'ailleurs certains jeux ont des gameplays très intelligents malgré le système de combat classique ATB + Attaque-Magie-Objet, je pense notamment à FVII, les matérias est un système génial et riche qui permet beaucoup de possibilités différentes en combat malgré le classicisme de ces derniers.
Donc concernant plutôt les combats :
=> Valkyrie Profile, encore à ce jour je pense que c'est un des meilleurs, jouissif ET intelligent. (Et les skills côté gameplay)
=> Les Mana Khemia, le meilleur système que j'ai vu ces dernières années (surtout dans le 2), un côté classique aussi mais plein de bonnes idées, il faut exploiter les faiblesses des ennemis, chaque perso a ses attaques bien à lui qui permettent de jouer sur le tour des persos et adversaires, il faut remplir la barre de burst et à ce moment là lancer des attaques dévastatrices seul ou à plusieurs persos, bref du super dynamique et en plus il faut réfléchir.
=> Les Baten Kaitos, et le système de Deck, celui du deux est meilleur et plus nerveux.
=> Breath of Fire IV, les effets qui se cumulent suivant l'ordre et les éléments des sorts que tu lances, bref le système des Hits et Combos
=> Xenosaga Episode II, il faut trouver la faiblesse des ennemis, gérer ses tours avec le système de stock (sorte de stamina) et de boost, puis breaker les ennemis en les envoyant en l'air ou au sol puis enchaîner les attaques à ce moment là, système très tactique, certes délicat mais qui donne des combats de boss dantesques.
=> J'ai beaucoup aimé aussi le système des Persona 3/4 (même si P4 c'est en court), exploiter les faiblesses des ombres avec ses personas pour gagner des tours et l'attaque mega bourrine où tous tes persos se jettent sur les ennemis quand les ennemis sont tours breakers ! Faire aussi attention à ses propres faiblesses pour pas se faire enchaîner.
D'ailleurs globalement le système à la Megaten est très intelligent, savoir gérer les éléments des démons (eau, feu, etc) est important mais aussi les états aléatoires et les boost de statistiques ! (qui sont souvent inutiles dans d'autres RPG).
=> Chrono Trigger, très simple mais vraiment agréable et le fait que les attaques à plusieurs soient essentielles et très nombreuses.
Voilà sinon il y a des gameplays de jeux que je trouve ultra riches, profonds et bien pensés même si les combats sont plus classiques :
=> Les Digital Devil Saga : Avec le Press Turn (gagner ou perdre des tours en fonctions des weakness des ennemis ou persos) et toutes les possibilités de customisation des persos grâce à l'apprentissage des Mantras ( plus rapide si tu dévores tes ennemis ! )
=> Chrono Cross : La grille, les innates, pareil la richesse des possibilités. Il faut aussi choisir le puissance de ses attaques pour gagner plus ou moins de stamina et accéder aux plus hauts palliers de la grille.
=> Final Fantasy VII : les matérias, idem les possibilités. Et les limites c'est cool aussi.
=> Les Suikoden : les 6 persos en combat cassique, le système de Runes génial, les attaques à plusieurs, les paires, "zones de feu" et skills dans le III. Les 3 types de combats, classiques/batailles/duels.
=> Après j'ai toujours eu un faible pour les système de jobs donc j'apprécie quand il est présent que ce soit dans un jeu avec des combats très classiques à la Final Fantasy IX ou VI ou quand il est plus poussé comme dans Final Fantasy Tactics.
Pour finir je précise aussi que c'est très important pour moi dans un RPG que chaque personnage ait son rôle (d'où le fait que j'aime les jobs sûrement) et le fait que tous les persos deviennent vite identiques dans FFX par exemple m'a empêcher d'apprécier le gameplay (car je ne nie pas qu'il est riche).
Et que même si je trouve ça détendant et que j'apprécie les A-RPG bien dynamiques pour moi j'ai du mal à les citer dans la liste des Best système RPG sachant que c'est surtout du bourrinage (très action quoi) à mes yeux.