Un conseil quand même, le Japon c'est mieux sans passer par un tour opérateur (et quelque soit le pays toute façon en général sauf cas très particulier).
Le Japon est super bien foutu en terme de transports et même en utilisant que l'anglais il est assez facile de prendre le bon train pour se rendre à l'endroit où on veut.
Les tours opérateurs ne te feront pas voir le Japon mais le Japon avec ses clichés de l'Occident.
Surtout que pour un premier voyage le programme peut être assez simple à définir : Tokyo/Nikko/Kamakura/Kyoto/Arashiyama/Nara/Osaka me semble pas mal en partant sur une base de 3 semaines.
Les guides de voyages sur le Japon sont assez bien faits pour te donner la liste des lieux à voir et ensuite le mieux est de te balader dans les villes (par exemple Kyoto ou Nara sont super agréables à faire à vélo).
Bon après, j'ai l'habitude de voyager et peut être que c'est votre premier voyage à l'étranger et vous voulez pas le rater mais honnêtement un tour opérateur, c'est moyen, je trouve.
EDIT: Pour les saisons, attention à éviter les mois de typhon/saison de pluie suivant les endroits