Deux points sur Linux :
Pour les manettes, un des principaux avantages de la manette Xbox sous Windows est son support d'XInput qui permet d'éviter la phase de configuration dans les jeux en standardisant les contrôles sur l'étalon de la manette Xbox. Ce genre de distinction n'existe pas sous Linux, tous les contrôleurs sont à la même enseigne (et donc oui, les manette DS3 passent sans problème).
Pour les émulateurs, il y a déjà tout ce qu'il faut, une bonne partie de ces projets sont open-source et multiplateforme. Le seul cas notable problématique que je connaisse est pcsx2, qui souffre d'une équipe très insuffisante pour maintenir sa branche Linux/OpenGL.